El club fue fundado el 14 de diciembre de 1952 por un grupo de trabajadores de la fábrica textil «Tipoití», propiedad del empresario Eduardo Seferian. El equipo se llamaba Empresa Deportiva Tipoiti pero como no se aceptaban nombres con firmas comerciales, fue bautizado con el nombre «Mandiyú» que significa ‘Algodón’ en guaraní. En 1972 Mandiyú empieza a competir en los Torneos Reginales en busca de una plaza al Torneo Nacional. El objetivo lo cumplió en 1974 Cuando derrotó por penales a Atlético Paraná en la final de perdedores y obtuvo la clasificación al Torneo Nacional.